La derrota definitiva de Miguel Miramón, en diciembre de 1860, y la ocupación de la capital por las tropas liberales daban por terminada la Guerra de Reforma. Eso permitió al presidente Benito Juárez regresar de Veracruz e instalar el gobierno de la República en la Ciudad de México. Sin embargo, con ello no terminaban los problemas para México; al contrario, 1861 se presentó como uno de los años más difíciles para la presidencia. Algunas bandas conservadoras continuaron sus ataques; el Congreso liberal presentaba graves divisiones ante las próximas elecciones, y en Europa las grandes potencias conspiraban para invadir el país.

Bolívar acogió a Agustín Jerónimo de Iturbide, hijo del primer emperador mexicano y quien fue uno de sus ayudantes más cercanos, por lo que lo acompañó en diversas andanzas, prácticamente hasta la muerte del libertador caraqueño en 1830.

Agustín de Iturbide fue un hombre admirado por Simón Bolívar por encauzar la independencia de México, aunque años después denostaría sus decisiones como monarca del nuevo imperio.

La estadía del joven Bolívar en la capital de Nueva España fue corta. De la pluma del escritor Artemio de Valle-Arizpe surgirían relatos de dicha visita, aunque construidos cuando el libertador era ya una importante figura.

Desde Palacio Nacional se ejercía presión sobre la oposición y se vetaban candidaturas que don Benito Juárez no consideraba de su agrado.

Se convirtió en maestro de la Gran Logia del Rito Nacional Mexicano en 1869.