En un acto desesperado que puso a la soberanía de Yucatán como moneda de cambio, el gobernador Santiago Méndez fue el encargado de solicitar en marzo de 1848 el apoyo de Estados Unidos para acabar con la rebelión.

Mientras en Palacio Nacional ondeaba la bandera de Estados Unidos y el Congreso mexicano discutía qué hacer frente a la derrota militar sancionada el 14 de septiembre de 1847, la élite gobernante de Yucatán propuso ceder la soberanía de ese territorio a Estados Unidos –al igual que lo hizo con Inglaterra y España– si este país desembarcaba tropas y armas para terminar con la rebelión en la península.

A partir de 1847 se alzó la más extensa y prolongada rebelión popular contra la élite yucateca. Abarcó casi un siglo de enfrentamientos y los sublevados llegaron a tener el control de la mayoría del territorio de la península. Aunque no fue una campaña de exterminio ni un conflicto de indígenas contra blancos, ha sido malamente llamada Guerra de Castas. En realidad, luchaban por reducción de impuestos, propiedad de la tierra, contra la explotación de carácter esclavista y a favor de un gobierno autónomo.

El cacique maya Manuel Antonio Ay fue fusilado en 1847 por “ser uno de los cabecillas de la insurrección de la clase indígena contra las presentes instituciones”, según la sentencia firmada por Eulogio Rosado. Su muerte y la respuesta armada de los mayas desataron una serie de asesinatos, brutalidad y saqueo por parte de las fuerzas milicianas yucatecas.

Hacia 1848 cada vez más comunidades de la península yucateca habían manifestado su inconformidad en torno a los impuestos, el despojo de tierras, las deudas de los peones, y en favor de la autonomía de gobierno.

Aunque el 4 de mayo de 1901 el poder federal ocupó la capital rebelde, los mayas mantuvieron una activa resistencia en los años siguientes, mientras que el ejército mexicano tuvo dificultades para consolidar su presencia en la región.