El Colegio de Tlatelolco partió del impulso de un pequeño grupo de frailes franciscanos y contó con el apoyo de la Corona y el virrey Mendoza, así como con el entusiasmo del obispo Zumárraga. Sin embargo, tales apoyos, así como la fortuna misma del colegio, fluctuaron con el tiempo: hubo periodos de mayor prosperidad y una copiosa población estudiantil, pero también etapas de crisis.

Es difícil entender que una institución tan notable haya tenido una historia accidentada. Las subvenciones y limosnas fueron irregulares y el colegio parece haber vivido siempre en el límite. Las opiniones y expectativas de sus contemporáneos también fueron contradictorias y variables. Su historia corre paralela al gran proyecto de aculturación y comunicación cultural emprendido por los frailes, especialmente franciscanos, y apoyado por algunas autoridades. Durante la década del 1590 se desvanece el proyecto original, y el que había sido fundado con la vocación de un Colegio Mayor se convirtió en una escuela para leer y escribir. De una institución pensada para las elites indígenas de toda la Nueva España, pasó a ser una escuela similar a la que tenían otros pueblos, solo dedicada a la alfabetización de un segmento de la población local. Sobrevivió bajo ese nuevo esquema durante los primeros cincuenta años del siglo XVII.

El impulso inicial del colegio se debe al obispo fray Juan de Zumárraga, a la orden franciscana en su conjunto y al virrey Mendoza. El proyecto solicitó y obtuvo el apoyo de la Corona. No era poca cosa. Incluso si las subvenciones no eran espléndidas, algunos donativos, como las estancias de ganado entregadas por el virrey Mendoza, eran suficientes para mantener a los estudiantes. ¿De qué modo cambió este escenario?

Entre 1538 y 1540, Zumárraga perdió el interés y la convicción en la utilidad del colegio. Estaba viejo y algo cansado; había enfrentado muchos conflictos en la Nueva España. Su personalidad, hay que recordarlo, estaba hasta cierto punto escindida: por una parte, tenía la función de Protector de los Indios, pero también tenía indígenas en encomienda, de los cuales –según señalamientos– alguna vez había abusado. Se dedicó a fondo a su tarea pastoral y se ocupó de adaptar la doctrina cristiana para los indios, pero también fue un inquisidor riguroso. En Vizcaya había perseguido brujas, al lado de otro franciscano, fray Andrés de Olmos, y en la Nueva España emprendió procesos inquisitoriales contra los indios. Entre ellos, el más notable fue el de don Carlos Ometochtli, como decíamos antes. Se ha hablado de una decepción de Zumárraga, motivada por la evidencia que pasó frente a sus ojos, como inquisidor, de la persistencia de prácticas idolátricas. El caso del cacique don Carlos pesaba sobre Zumárraga de modo especial; se resquebrajaba la confianza en la formación cristiana de los descendientes de la antigua nobleza indígena ante la conducta de don Carlos: cristiano, instruido, amigo de varios españoles, e idólatra. Mandar quemar en la hoguera a don Carlos debe haber afectado profundamente a Zumárraga. Y todo ello, probablemente, le llevó a dar más crédito a la postura de su entrañable amigo y confesor, Domingo de Betanzos, quien se había opuesto a la idea de acercar los altos estudios a los indios.

El virrey Mendoza, por el contrario, creyó en el sentido del proyecto hasta que tuvo que dejar el virreinato de la Nueva España. Su sucesor continuó apoyando el colegio, pero con menos argumentos y entusiasmo que el primer virrey. Lo mismo podría decirse de Felipe II respecto a Carlos I.

También es posible que hayamos exagerado, tildado de “abandono” algún cambio en el colegio, y considerado catastróficos altibajos relativamente normales, como la fluctuación o incertidumbre respecto a los montos disponibles para la manutención anual de los alumnos. Podría ser que lo que estamos viendo fuese principalmente un proceso paralelo al que caracterizó a la evangelización. En la política de las órdenes religiosas para la organización de los pueblos de indios también hubo contradicciones, hubo confrontaciones entre autoridades de diverso tipo; hubo momentos de auge y otros de escepticismo. Y puede hablarse de un declinar, hacia la década de 1590, de todo el proyecto mendicante. El Colegio de Tlatelolco era parte de él.

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