El llamado maderista a sumarse a la revolución también prendió en grupos radicales inconformes con los gobiernos estatales. Los zapatistas se ensañaron sobre todo con las grandes haciendas, quemaron cañaverales y oficinas públicas, aparte de ajusticiar a algunos jefes políticos y capataces.

El rompimiento formal con el maderismo fue a través del Plan de Ayala del 28 de noviembre de 1911. Este se discutió en el corazón de los cuarteles zapatistas, en mesa abierta, en reuniones públicas en las casas de los mismos pobladores. Fue apoyado por los generales del Caudillo del Sur, entre los que se encontraba Otilio Montaño, personaje fundamental en la redacción del documento y quien lo firmó en segundo lugar, junto al general José Trinidad Ruiz, solo debajo de la rúbrica de Zapata.

Huerta procuró que los zapatistas renunciaran a las armas y, en un intento conciliador, utilizó como intermediario a Pascual Orozco (designado jefe de la revolución del sur en el Plan de Ayala), quien envió a su padre para entablar conversaciones. Sin embargo, Zapata ordenó apresarlo y enjuciarlo, y al final fue fusilado.

Zapata pareció encontrar en Villa el aliado ideal en su lucha revolucionaria. Ambos tenían ideas similares sobre la importancia de la tierra y la injusticia social heredada del viejo régimen y que era urgente superar. Al final, fueron derrotados en el campo de batalla por Carranza y Obregón en 1915.

Al comenzar 1919, el zapatismo estaba en franco declive. Su aislamiento y falta de recursos lo incapacitaban para sostener una campaña militar contra un gobierno carrancista cada vez más sólido, mientras Zapata se movilizaba entre diferentes pueblos para mantenerse a salvo.

Josefa Espejo Sánchez (izq.) y Matilde Vázquez Vázquez se retrataron junto a sus esposos, los hermanos Emiliano y Eufemio Zapata, durante los años más difíciles de su campaña militar en 1914. A pesar de que Miliano tuvo muchas mujeres, Josefa fue considerada su esposa legítima y llama la atención que fuera la única mujer del caudillo de la que no quedó descendencia.