Con la alta demanda de agave para su destilación no se permite la floración de estas plantas con el fin de que produzcan más azúcares; por lo tanto, si no hay flores, no hay polinización. Sin flores, la fauna y flora vinculadas a los ecosistemas de zonas magueyeras pierden fuentes de alimentación.

La enorme biodiversidad de Oaxaca hace que sea difícil tener un panorama completo y definitivo de los tipos de agave que ahí crecen. Algunas variantes están en proceso de identificación, y otras seguramente aún no son conocidas por la ciencia. Es fundamental tener en cuenta esta característica biodiversa, pues en la medida en que crece la demanda y producción del mezcal, se vuelve fundamental crear estrategias de protección de las especies y los ambientes naturales en los que crecen.

Uno de los riesgos de la industrialización del mezcal es la homologación y disminución de la variedad de mezcales, además de la pérdida de conocimientos locales ancestrales. Como todas las especies del planeta, el maguey es una planta que crece de manera silvestre en un entorno particular y está articulada con otras especies de plantas y animales, como los polinizadores. El cultivo y la recolección exhaustiva de un número limitado de plantas ocasiona el desplazamiento de otras que son endémicas de las zonas de producción de mezcal; ello altera el ecosistema que rodea los campos de cultivo. Por ejemplo, agaves silvestres en peligro de extinción son conocidos como cuela, gavilán, chuparrosa, bartoleño, bilia, orroqueño, velató, cucharilla y pichumel.

Al mismo tiempo, con la producción de semillas en zonas controladas, se limita la polinización entre diversos agaves, y con el paso del tiempo ello deriva en la pérdida de la variabilidad genética de las especies. A su vez, con la alta demanda de agave para su destilación no se permite la floración de estas plantas con el fin de que produzcan más azúcares; por lo tanto, si no hay flores, no hay polinización. Sin flores, la fauna y flora vinculadas a los ecosistemas de zonas magueyeras pierden fuentes de alimentación. Este proceso de pérdida de variedades conduce invariablemente a la extinción misma de las plantas mayormente explotadas, como sucede en la actualidad con alimentos como el café, plátano, cebada, cacahuate, cacao, té, e incluso el atún.

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