Ya ordenado sacerdote, se convirtió en uno de los maestros más prestigiosos de los colegios de la Compañía en las ciudades de México, Valladolid (hoy Morelia) y Guadalajara. Entonces extendió sus estudios hacia las ciencias físicas y naturales. Su trabajo como profesor se complementó con el estudio del pasado prehispánico, su conocimiento del náhuatl y otras lenguas indígenas, y con su labor como catequista y defensor de indios.

En la iglesia de San Pedro y San Pablo sesionó el primer Congreso mexicano e Iturbide juró como emperador en mayo de 1822. Para octubre, él disolvió el Congreso, pero éste volvería a reunirse para redactar la Constitución de 1824, tras caer el imperio.

Esta joya arquitectónica del barroco novohispano del siglo XVIII vio pasar a miles de jóvenes alumnos por sus umbrales, arcos y pasillos. Primero los jesuitas y más tarde los preparatorianos ocuparon sus aulas, algunos de ellos mientras Diego Rivera y José Clemente Orozco llenaban sus muros del nuevo arte mexicano.

En el edificio del antiguo Colegio de San Juan Nepomuceno –construido en el último tercio del siglo XVIII, a unas cuadras de la catedral de Saltillo–, en 1878 se fundó una institución que representó un punto de encuentro no sólo para los jesuitas, sino para la élite de esta región norteña. Aquí se formaron personajes como el presidente Francisco I. Madero, el político e intelectual Vito Alessio Robles, el empresario Enrique Sada o el escritor Artemio de Valle-Arizpe.