Las prácticas animistas y curativas de los indios de Sonora, tenidas por los misioneros como magia y hechicería, pervivieron durante buena parte del periodo colonial, pese a los esfuerzos de dichos religiosos por erradicarlas.

El antiguo insurgente Carlos María de Bustamante hizo una edición del manuscrito de Cavoen la década de 1830. Sin embargo, trató de “completar” la historia del jesuita e incluso cambió palabras por no considerarlas convenientes, además de hacer modificaciones de fondo a la obra.

Estos religiosos brindaban en lo docente lo equivalente a la actual secundaria y preparatoria: un plan de cinco años, que era el programa clásico con énfasis en las humanidades; el programa científico, pudiendo estar precedido de un programa preparatorio de un año, y un programa de clases accesorias. Su profesorado era de excelencia.

El virrey marqués de Casafuerte fue uno de los opositores más férreos a la producción de bebidas alcohólicas. Durante su mandato, se enfrentó con los frailes jesuitas que elaboraban destilados en sus recintos.

El jesuita alemán Adam Schall también fue apreciado por la corte imperial china, además de que compartió su conocimiento de la astronomía con esa nación.

Entre los principales dueños de esclavos negros en Nueva España figuró la Iglesia católica; tanto el clero secular como el regular los utilizaron en sus conventos, colegios, iglesias, capillas y haciendas. Pero fue la Compañía de Jesús, orden religiosa fundada por Ignacio de Loyola en 1534 y aprobada por el papa Paulo III en 1540, la más importante institución religiosa que poseyó esta mano de obra africana en Nueva España y en otros territorios de los actuales países de Perú, Paraguay, Chile, Argentina, Colombia, Ecuador y Brasil, donde también tuvieron presencia.