A pesar del escándalo de las endemoniadas y embarazadas, con el transcurrir de los años el Colegio de la Santa Cruz de Querétaro se consolidó como una institución educativa que prosperó.

En el Colegio de la Santa Cruz del siglo XVII, las prácticas religiosas incluían rituales penitenciales. Como prácticas ejemplares, los frailes de la Santa Cruz llegaban a portar cruces, sogas y coronas de espinas; incluso, hacían que les dieran bofetadas, les tiraran de las cuerdas y los pisotearan, intentando vivir en carne propia el suplicio de Cristo.

Quizá en otro momento y bajo otras circunstancias el idealismo de Guillén de Lampart hubiera tenido éxito, pero en 1642 no.

Corría el año de 1648, y después de cinco veces que el supuesto milagro sucedió, el marido de doña María mandó llamar a su amigo el escribano Miguel Pérez para testificar su veracidad. Por más de veinte años se realizó el “prodigio” y en 1674, el arzobispo fray Payo de Ribera ordenó que se hicieran juntas de teólogos para que diesen su parecer sobre el caso.

El manual inquisitorial Martillo de las brujas (1487) permite conocer cómo en la Edad Media se identificaba a las mujeres practicantes de brujería, las formas más comunes para saber si se estaba bajo un maleficio de alguna de ellas, así como la manera en que debían ser cazadas, interrogadas y, si era necesario, castigadas. Asimismo, podemos conocer la imagen de las brujas en la sociedad medieval, así como las permanencias y posibles cambios en ella.

El proceso contra Luis de Carvajal el Viejo –fundador y gobernador del norteño Nuevo Reino de León– y sus parientes es un caso emblemático de la persecución contra los judíos conversos. Muchos de ellos habían cruzado el Atlántico para establecerse en tierras americanas con la esperanza de escapar del Santo Oficio. Esta historia del siglo XVI implicó a toda la familia Carvajal y el juicio reveló una extensa red de adeptos al judaísmo.

Los miembros de esa familia fueron consumidos por las llamas de la hoguera, lo que sin duda contribuyó a forjar la leyenda negra en torno a la Inquisición, dado que este hecho ha trascendido la barrera de los siglos.