Como parte de la política de conciliación que rigió durante su gobierno, Díaz operó con mano laxa en asuntos religiosos: si bien le abrió las puertas del país a los protestantes, también los católicos reconquistaron terreno perdido. 

El conflicto de los años 1855-1860 fue un enfrentamiento entre las élites mexicanas en su búsqueda por hacerse del poder politico y económico. No se puede reducir a una lucha entre liberales y conservadores, sino a la de dos bloques políticos: uno liberal, compuesto por las facciones de puros y moderados, y otro populista, integrado por santannistas y conservadores. De este modo, la Reforma consistió principalmente en combatir los privilegios de dos corporaciones: la Iglesia católica y el ejército permanente de raigambre santannista; se intentaba reformar la primera y eliminar al segundo. En este último propósito destacó la figura del general zacatecano Jesús González Ortega.

Para mediados del siglo XVIII el culto ya era reconocido en toda la península de Yucatán y recibía múltiples ofrendas.

Su principal duda era si debía sólo enseñar o también persuadir.

El 10 de junio de 1820 fue el último día de la Inquisición en la Nueva España.

La Inquisición de México rara vez tenía que ver con casos de herejía.