El gobierno de Porfirio Díaz promovió las reimpresiones de México a través de los siglos. Aunque descartó que se “completara” la obra con la historia de los gobiernos posteriores a Juárez, era claro que consideraba que su propia presidencia era el resultado de la epopeya contada en los tomos que dirigió Riva Palacio.
El periodo de relativa paz del Porfiriato daba cuenta de que la labor de los liberales de las décadas anteriores había conducido al establecimiento de un Estado sólido, con instituciones fuertes (aunque esto, como han mostrado investigaciones recientes, no es del todo cierto) y con fronteras bien definidas.
Al mismo tiempo que Riva Palacio recibía la encomienda de escribir una historia de México, surgió un nuevo conflicto fronterizo con Guatemala. El encargado de negociar fue el ministro mexicano en Estados Unidos (en aquellos años todavía no había embajadores), Matías Romero. Primero, se dirigió al presidente de Guatemala, Justo Rufino Barrios, y luego a sus representantes, así como a los secretarios de Estado de Estados Unidos, Frederick Frelinghuysen y James Blaine. En las comunicaciones que tenía con los políticos centroamericanos y estadounidenses, siempre incluía un resumen no tan pequeño de la obra de Larráinzar sobre el Soconusco, como argumentos para mostrar la mexicanidad de todos los distritos de Chiapas.
Incluso, afirmaría que Petén debía ser mexicano, también basado en la obra de historia del abogado chiapaneco.
Romero, como otros liberales de la época, tenía sus propios intereses. Como propietario de fincas cafetaleras en la zona en disputa (en ambos lados de la frontera), había incursionado en un proyecto para construir un ferrocarril en el Sudeste, que finalmente no se logró. En alguna ocasión, Blaine le señaló que debía admitir que México quería fijar la frontera con Guatemala a partir de su interés nacional y de la seguridad de sus propiedades. Romero respondió que no, que México solo estaba reclamando lo que históricamente le pertenecía.
México a través de los siglos se convirtió en la versión oficial del Porfiriato. Las viejas disputas entre los historiadores de la primera mitad del siglo XIX fueron olvidadas. Ya no se discutía si Hidalgo era el padre de la patria o si lo era Iturbide. Se decidió que solo sería el primero, olvidando la opinión de los conservadores y de algunos liberales que apoyaban al segundo.
También se dejó de considerar que el pasado prehispánico era ajeno, como creían muchos ilustrados, liberales y conservadores, desde Clavigero, pasando por Mora y Alamán. No es que se aceptara, como se hace en la actualidad, que los pueblos indígenas originarios seguían existiendo. En vez de eso se consideró que México, el Estado que se consolidó tras el triunfo de los liberales, tenía su origen en las civilizaciones anteriores a la conquista, en especial en México-Tenochtitlan. El gusto por rastrear las raíces hasta los siglos anteriores al XV estaba complementado con el desdén a los indígenas vivos.
Al finalizar el siglo XIX, no era extraño hallar postales con referencias tomadas de esa versión de la historia: Miguel Hidalgo, la Independencia; Benito Juárez, la Reforma; Porfirio Díaz, la paz y consolidación del Estado. Aunque Díaz nunca quiso ampliar México a través de los siglos hasta su propio gobierno, la obra de Riva Palacio le sirvió para dar legitimidad a su propio proyecto. Lo presentó como el tercer hito histórico de México, después de la Independencia y la Reforma. Luego, en 1910, una gran revolución lo sacaría de ese lugar que quería en la historia.