Debido a la severidad de los medios utilizados para la pacificación de la región del Bajío, Iturbide fue severamente criticado. A consecuencia de ello, el virrey Calleja se vio obligado a realizar en su contra una especie de proceso judicial. Si bien Iturbide fue exonerado por Calleja, el siguiente virrey, Juan Ruiz de Apodaca, desecharía este perdón y lo separaría del mando efectivo de hombres, retirándole la comandancia del Ejército del Norte.

Debido a la severidad de los mecanismos utilizados para lograr la pacificación de la región del Bajío, es que Iturbide fue severamente cuestionado por varios sectores de la población guanajuatense, desde donde comenzaron a llegar clamores por justicia. A consecuencia de ello, el virrey Calleja se vio obligado a realizar en su contra una especie de proceso judicial.

Quien concentró las acusaciones en contra de Iturbide fue el clérigo Antonio Labarrieta, cura de Guanajuato, quien se dirigió al virrey Calleja en julio de 1816 para hacer una pintura de la situación: responsabilizaba a las fuerzas de Iturbide de haber saqueado las haciendas de Copal, Mendoza y el Molino; de haber monopolizado el comercio del azúcar, la lana, el aceite y los cigarros, así como de detener los convoyes que llevaban los productos de los otros vendedores, adelantándose él a introducir los suyos e incrementar su precio; actuar despóticamente ante los cabildos de León, Silao y Guanajuato; publicar leyes sin autoridad, y además, extraer de las cajas reales alrededor de trescientos mil pesos.

Iturbide se dirigió a Calleja el 14 de agosto para hacer un descargo de las acusaciones del que llamó un “libelo infamatorio”. En esa comunicación descalificó a su denunciante y desestimó su testimonio por considerar “la corrupción que es muy conocida de sus costumbres, por la mordacidad que le caracteriza”, y sobre todo, por haber seguido “por sistema el partido de la rebelión”, pues recordaba que Labarrieta se había adherido fugazmente a la rebelión de Miguel Hidalgo en 1810. En general, Iturbide señalaba no haberse encontrado pruebas de las acusaciones del cura, pero tampoco las desmintió ni negaba haberlas cometido.

Finalmente, el 12 de septiembre de 1816, el virrey sentenció en una breve nota en la Gaceta del Gobierno de México que no había nada que castigar, bajo la idea de que “no hubo mérito para la comparecencia del señor Iturbide […] ni en el día lo hay para su detención; en cuyo concepto está dicho jefe expedito para volver a encargarse del mando del Ejército del Norte”.

No obstante, de poco sirvió que Iturbide fuera absuelto, ya que el 20 de septiembre llegó a Ciudad de México el nuevo virrey Juan Ruiz de Apodaca, quien desechó esa exoneración y dejó a Iturbide separado de su mando de manera provisional, hasta que el 12 de noviembre le comunicó que había sido reemplazado en la comandancia del Ejército del Norte. A partir de ese momento quedó sin mando efectivo. Es por eso que, desde diciembre de 1816, poco se sabe sobre las acciones y negocios de Iturbide, así como del cambio de mentalidad que tuvo que experimentar para colocarse posteriormente en contra del gobierno que tanto había defendido.

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