Aunque el 4 de mayo de 1901 el poder federal ocupó la capital rebelde, los mayas mantuvieron una activa resistencia en los años siguientes, mientras que el ejército mexicano tuvo dificultades para consolidar su presencia en la región.

Manuel Cepeda Peraza fue gobernador de Yucatán de 1867 a 1869, periodo en el que se fundó el Instituto Literario, antecedente de la universidad estatal; la Biblioteca Central de la entidad, que actualmente lleva su nombre; el Museo de Arqueología e Historia, y la Academia de Música.