La Guerra de Reforma abarcó el periodo que va de diciembre de 1857 a enero de 1861. Durante esta etapa hubo dos gobiernos paralelos, el conservador con sede en Palacio Nacional y el liberal con sede itinerante en Queretaro, Guanajuato, Guadalajara y Veracruz. Luego del autogolpe de Estado de Ignacio Comonfort al desconocer la Constitución de 1857 y apoyar el Plan de Tacubaya, el gobierno liberal nombró a Benito Juárez, que entonces era el Presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, como Presidente Sustituto de la Nación por el Partido Constitucionalista del 19 de enero de 1858 al 8 de mayo de 1861.

El 17 de diciembre de 1857 desconoció la Constitución proclamada en febrero de ese mismo año mediante el pronunciamiento conservador del Plan de Tacubaya al que Comonfort se une en un autogolpe de Estado.

Es nombrado por los seguidores del Plan de Ayutla como Presidente Interino por el Partido Liberal. Su gobierno abarca del 4 de octubre al 11 de diciembre de 1855.

Jefe Militar con el Poder Ejecutivo del 12 de septiembre al 4 de octubre de 1855.

Presidente interino del 15 de agosto al 12 de septiembre de 1855.

Presidente provisional del 8 de febrero al 20 de abril de 1853.