Zapata pareció encontrar en Villa el aliado ideal en su lucha revolucionaria. Ambos tenían ideas similares sobre la importancia de la tierra y la injusticia social heredada del viejo régimen y que era urgente superar. Al final, fueron derrotados en el campo de batalla por Carranza y Obregón en 1915.

Huerta procuró que los zapatistas renunciaran a las armas y, en un intento conciliador, utilizó como intermediario a Pascual Orozco (designado jefe de la revolución del sur en el Plan de Ayala), quien envió a su padre para entablar conversaciones. Sin embargo, Zapata ordenó apresarlo y enjuciarlo, y al final fue fusilado.

El rompimiento formal con el maderismo fue a través del Plan de Ayala del 28 de noviembre de 1911. Este se discutió en el corazón de los cuarteles zapatistas, en mesa abierta, en reuniones públicas en las casas de los mismos pobladores. Fue apoyado por los generales del Caudillo del Sur, entre los que se encontraba Otilio Montaño, personaje fundamental en la redacción del documento y quien lo firmó en segundo lugar, junto al general José Trinidad Ruiz, solo debajo de la rúbrica de Zapata.

Tras el asesinato de su caudillo, el movimiento zapatista empezó a difuminarse o a establecer alianzas con quienes habían sido sus enemigos.

Al comenzar 1919, el zapatismo estaba en franco declive. Su aislamiento y falta de recursos lo incapacitaban para sostener una campaña militar contra un gobierno carrancista cada vez más sólido, mientras Zapata se movilizaba entre diferentes pueblos para mantenerse a salvo.

“Tierra y libertad, tierra y justicia es lo que sintetiza el Plan de Ayala […] un hogar para cada familia, una torta de pan para cada desheredado de hoy, una luz para cada cerebro en las escuelas-granjas que establezca la revolución después del triunfo; y tierra para todos”.