Entre los mayores aciertos logrados durante los primeros años de evangelización está la fundación del Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, una institución educativa de nivel superior dirigida a los indios. Este proyecto se materializó gracias al apoyo del virrey Antonio de Mendoza y del obispo fray Juan de Zumárraga, y contó con el apoyo del emperador, por lo que recibió el título de “imperial”.
Erigido junto al monasterio franciscano de Tlatelolco, se inauguró el 6 de enero de 1536. Contó inicialmente con 60 alumnos del valle de México, elegidos entre los jóvenes nobles más sobresalientes de la escuela de San José de los Naturales. Los alumnos eran internos y llevaban una vida conventual, compartían con los frailes la capilla y el comedor y pasaban con ellos sus horas libres, e incluso usaban un hábito especial.
Durante la primera mitad del siglo XVI este colegio fue el centro cultural más importante de Nueva España, donde maestros y alumnos intercambiaron conocimientos y se tendieron puentes culturales entre el mundo indígena y el español. Su programa de estudios incluía gramática latina, teología, retórica, lógica, filosofía y música. Se enseñaba náhuatl por frailes expertos en el idioma, como Basacio, Olmos, Sahagún y García de Cisneros. También había clases de español, pero éstas eran opcionales.
El colegio poseía una considerable biblioteca con más de 300 volúmenes, que comprendía a autores griegos y latinos, teólogos, tratadistas místicos, gramáticos y humanistas. También contaba con una imprenta propia. Allí se realizaron obras lingüísticas, culturales y religiosas de vital importancia, tales como traducciones de libros católicos a lenguas indígenas, obras de teatro en lenguas indígenas, recopilaciones de los huehuetlatolli (“palabras de ancianos”), investigaciones históricas y antropológicas sobre el mundo prehispánico, y trabajos científicos sobre medicina y herbolaria indígena.
Del Colegio de Santa Cruz salieron indígenas notables que dominaron el español y el latín, además de sus lenguas nativas, y se desempeñaron como escribanos, tlacuilos (pintores-escribanos), copistas, maestros de latín (gramáticos), traductores e investigadores que colaboraron con los frailes, como el bachiller Hernando de Ribas, quien ayudó a Alonso de Molina con su vocabulario y gramática náhuatl y a fray Juan de Gaona en la redacción de unos diálogos, o Pablo Nazareno, que tradujo al náhuatl las epístolas y los Evangelios.
Entre los colaboradores de Sahagún, la mayoría traductores trilingües, se hallaron Agustín de la Fuente, Martín Jacobita, Alonso Vegerano y Pedro de San Buenaventura. El “principal y más sabio” de todos, como reconoció el propio Sahagún, fue Antonio Valeriano, natural de Azcapotzalco. Se decía que era un latinista admirable y, de hecho, ocupó la cátedra de latín en el colegio durante algún tiempo; hacia 1560 fue elegido gobernador de Tenochtitlan.
Al darse cuenta de las capacidades intelectuales y espirituales de los indios, algunos frailes franciscanos consideraron la posibilidad de formar sacerdotes indígenas. Con ello esperaban abatir la escasez de religiosos, a la vez que establecer una Iglesia “más pura” que la de la península española.
Desafortunadamente, conforme crecía el éxito del Colegio de Santa Cruz, aumentaban las críticas y la oposición a él y se dificultaba su sostenimiento. Algunos funcionarios españoles y miembros del clero secular comenzaron a ver con recelo que los indígenas fueran educados a ese nivel, pues temían su emancipación. Los dominicos protestaron ante el rey por lo que consideraron una empresa inútil y peligrosa. Y, por si fuera poco, algunos miembros de la misma orden franciscana expresaron sus dudas sobre la capacidad de los indios para mantenerse castos y renunciar a la bebida, condiciones necesarias para el sacerdocio.
Finalmente, la Corona prohibió la ordenación sacerdotal de los indios y mestizos y propició una mayor hispanización de estos grupos de la población. A partir de 1550 fue obligatoria la enseñanza del español a los indios. Entre 1555 y 1565 se ordenó que fueran recogidas todas las obras de carácter religioso escritas en lenguas vernáculas que circulaban entre los indios; en adelante, sólo podrían tener catecismos aprobados por los obispos.
Este conjunto de circunstancias propició la decadencia del colegio a partir de mediados del siglo XVI. Aunque en la década de los ochenta de la misma centuria logró recuperar algo de su esplendor con la actividad desarrollada por Sahagún y sus alumnos, la epidemia de 1576 afectó a la mayor parte del estudiantado y significó su debacle final. En 1571 el recién instaurado Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición recogió las obras que versaban sobre el mundo indígena y prohibió la escritura y publicación de nuevas obras. Mediante esta medida resultó afectada, por ejemplo, la Historia general de las cosas de la Nueva España de fray Bernardino de Sahagún, que permaneció inédita.
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