Dada su tendencia liberal, Del Castillo fue suspendido de dar cátedra durante el imperio de Maximiliano derrocado en 1867, aunque colaboró en otros proyectos científicos de ese régimen.

Su labor al frente del Instituto de Geología, entre otros méritos, le valió al ingeniero Aguilera que en 1937 la UNAM le otorgara el grado de doctor honoris causa.

Joaquín Velázquez Cárdenas de León dejó valiosos escritos científicos que fueron muy apreciados por estudiosos posteriores, como el alemán Alexander von Humboldt.