Fue uno de los primeros insurgentes pero hoy está casi en el olvido. Pasó veintisiete años en prisión, la mayor parte de ellos en la lejana Filipinas, mientras muchos ya lo daban por muerto. Cuando pudo regresar, ahora su país se llamaba México. No deseó volver a Querétaro, donde había participado en la conspiración que detonaría el movimiento de independencia. Pasó sus últimos años como velador en Guadalajara y nunca quiso saber nada de homenajes ni de la pensión por sus servicios a la patria que ayudó a forjar.

La madrugada del 2 de enero de 1812 Félix María Calleja del Rey, capitán general del Ejército Realista, rodeó con sus hombres la Villa de Zitácurao. En ella se encontraba la Suprema Junta Nacional Americana, fundada el 19 de agoto de 1811 a convocatoria de Ignacio López Rayón.

Allende fue comandante del regimiento de Dragones de la Reina, cuerpos de caballería de élite del ejército virreinal. El plan original era que parte de este cuerpo daría respaldo al movimiento independentista.

En la toma de la Alhóndiga de Granaditas, en septiembre de 1810, se conjuntaron casi todas las expresiones de la violencia insurgente: asedio y toma de la ciudad de Guanajuato, masacre de gachupines y criollos, robo y pillaje.

La mañana del 15 de marzo de 1816 fue sepultado Mariano Abasolo en el arenoso lecho del cementerio de San José Extramuros del milenario puerto español de Cádiz. Una fiebre puso fin a cinco años de prisiones; en la última, una celda del Castillo de Santa Catalina, había durado solamente seis meses. De los principales jefes insurgentes capturados en Acatita de Baján el 21 de marzo de 1811, fue el único que tuvo la suerte de escapar de la sentencia de muerte, una fortuna que sólo prolongó su desgracia. 

Pesaba en Morelos la actuación de los monarcas españoles, quienes vendieron sus dominios, sin tener facultades para hacerlo.