El rompimiento formal con el maderismo fue a través del Plan de Ayala del 28 de noviembre de 1911. Este se discutió en el corazón de los cuarteles zapatistas, en mesa abierta, en reuniones públicas en las casas de los mismos pobladores. Fue apoyado por los generales del Caudillo del Sur, entre los que se encontraba Otilio Montaño, personaje fundamental en la redacción del documento y quien lo firmó en segundo lugar, junto al general José Trinidad Ruiz, solo debajo de la rúbrica de Zapata.

Apenas habían transcurrido dos meses de que Francisco I. Madero tomara posesión de la presidencia cuando el desgaste de su gobierno se iba acrecentando a pasos agigantados.

El llamado maderista a sumarse a la revolución también prendió en grupos radicales inconformes con los gobiernos estatales. Los zapatistas se ensañaron sobre todo con las grandes haciendas, quemaron cañaverales y oficinas públicas, aparte de ajusticiar a algunos jefes políticos y capataces.

Francisco I. Madero y Pino Suárez permanecieron prisioneros en Palacio Nacional hasta el día 22 de febrero de 1913, cuando fueron sacados de su celda y conducidos al sacrificio. Hacia las once de la noche se les obligó a subir a dos automóviles y en las inmediaciones de la prisión de Lecumberri fueron asesinados.

Del 9 al 18 de febrero se paralizaron las actividades cotidianas en Ciudad de México. Eran muy pocos los que intentaban huir, salir un momento a rezar un responso, tratar de obtener noticias –puesto que no circulaban los periódicos– o conseguir víveres. Desde el primer día de la asonada, Madero se instaló en Palacio Nacional, amenazado como prácticamente todo el centro de la capital.

La mayoría de las fotografías de las acciones en la toma de Ciudad Juárez fueron hechas por estadounidenses como Jimmy Hare y Otis Aultman, cuyas imágenes se conservan principalmente en archivos privados y de universidades de su país.