Sierra fue nombrado secretario de Instrucción Pública y Bellas Artes en 1905. El presidente Díaz lo dejó hacer su trabajo y lo apoyó a pesar de los conflictos que para entonces había en el seno del gobierno y entre el grupo de los “científicos”.

Desde 1881, Justo fue quien más abogó por la creación de una universidad nacional, plan que consumó hasta 1910. El actual Museo de la Autonomía Universitaria, en el Centro Histórico de la Ciudad de México, fue la primera sede de esa institución.

Sierra se convenció de la legitimidad del gobierno de Díaz porque vio en él la posibilidad de pacificar y hacer avanzar al país. Incluso respaldó la idea de una “dictadura ilustrada”, siempre y cuando se creara un partido institucional y un programa que ciñera la conducta del gobierno, algo que finalmente no ocurrió.

Después de décadas de inestabilidad política, Sierra encabezó el proyecto educativo más importante del siglo XIX, con el respaldo del gobierno de Porfirio Díaz. El llamado “Maestro de América” elaboró un ambicioso plan nacional que abarcó desde los jardines de niños hasta el nivel universitario. Un programa que sería considerado “el gran cuadro de la construcción espiritual de México”.

La crisis electoral, el derrocamiento del gobierno y el fusilamiento de Guerrero evidenciaron la debilidad de las instituciones del naciente México, así como la predominancia del uso de la vía armada para alcanzar el poder o mantenerse en él.

A finales de 1830 el presidente Guerrero partió de Ciudad de México con sus mejores hombres para combatir a los opositores a su gobierno.