Huerta procuró que los zapatistas renunciaran a las armas y, en un intento conciliador, utilizó como intermediario a Pascual Orozco (designado jefe de la revolución del sur en el Plan de Ayala), quien envió a su padre para entablar conversaciones. Sin embargo, Zapata ordenó apresarlo y enjuciarlo, y al final fue fusilado.
Desde que tuvo noticia del derrocamiento y asesinato de Madero por el golpe militar de Victoriano Huerta, Zapata se mantuvo en pie de guerra contra el general traidor, a quien conocía muy bien. Giró instrucciones a sus jefes para que mantuvieran la lucha contra el nuevo gobierno y rechazó todas las ofertas de los enviados de Huerta para que depusiera las armas, reconociera al gobierno ilegítimo y obtuviera garantías y beneficios para él y sus seguidores. Y, para que quedara claro que no claudicaría, ordenó que a los enviados de Huerta se les arrestara, enjuiciara y ejecutara. El 31 de marzo de 1913, escribió al aguerrido general zapatista Genovevo de la O:
“No se ha pensado en tratado de paz de ninguna especie, al contrario, se han dado órdenes de que todos los que se presenten a celebrar tratados de paz sean capturados y remitidos a este Cuartel General para que se les forme su proceso respectivo. Precisamente fueron aprehendidas doce personas que se presentaron a celebrar conferencias de paz y entre ellas vinieron Simón Beltrán y un tal Morales, pariente de Federico Morales, […] ya se les fusiló a estos dos últimos por traidores a la causa que juraron defender […] Siga usted activando sus trabajos en aquella zona militar.”
Pascual Orozco, a quien Zapata había nombrado jefe de la revolución nacional contra Madero en el Plan de Ayala, reconoció a Huerta y se convirtió en uno de sus principales apoyos. Orozco envió a su propio padre a Morelos buscando convencer al líder suriano de que reconociera al gobierno federal. Zapata rechazó la oferta, ordenó apresar al padre de Orozco, enjuiciarlo y condenarlo, haciendo públicas las actas del juicio.
Emiliano mantuvo una lucha tenaz contra el gobierno huertista y contribuyó a su derrota. Durante el régimen usurpador, resistió la feroz embestida del ejército federal en Morelos y pudo controlar Guerrero, así como partes importantes de Puebla, Estado de México y Tlaxcala. Aparte, se incorporaron al zapatismo intelectuales urbanos radicales, como Antonio Díaz Soto y Gama, quienes enriquecieron el discurso político de los surianos, supieron interpretar el sentir de las comunidades rurales e hicieron las formulaciones programáticas más fundamentadas del movimiento.
Emiliano fortaleció su postura por una revolución que garantizara un verdadero cambio social, sin concesiones ni traiciones. El 20 de octubre de 1913 emitió un Manifiesto a la Nación en el que plasmó los objetivos de su lucha y dejó en claro que no reconocería a Huerta ni a ningún gobierno que no garantizara las demandas de justicia social y libertad económica:
“Allí está la razón de por qué no reconoceremos a ningún gobierno que no nos reconozca y sobre todo, que no garantice el triunfo de nuestra causa […] Pueden haber elecciones cuantas veces se quiera; pueden asaltar, como Huerta, otros hombres la silla presidencial, valiéndose de la fuerza armada o de la farsa electoral, y el pueblo mexicano puede también tener la seguridad de que no arriaremos nuestra bandera ni cejaremos un instante en la lucha hasta que victoriosos podamos garantizar el advenimiento de una era de paz que tenga por base la Justicia y como consecuencia la libertad económica.”
La acción combinada de los tres grandes ejércitos revolucionarios, el villista, el constitucionalista y el zapatista, derrotó al gobierno de Huerta. El dictador renunció y huyó del país el 15 de julio de 1914, poco después de que la poderosa División del Norte villista tomara Zacatecas. El 24 de junio, el líder suriano emitió un Manifiesto a los habitantes de Ciudad de México en el que anunciaba que la victoria sobre Huerta estaba cerca, subrayando nuevamente el contenido social de su lucha: “Por eso la revolución lo proclama altamente: el país no estará en paz nunca, mientras no se destruya el feudalismo de los campos, mientras la tierra no sea distribuida entre los que saben y quieren cultivarla, mientras no desaparezca el monopolio de los bribones, no se den garantías al trabajador y no se mejore la retribución del trabajo”.
Esta publicación solo es un extracto del artículo "¿Por qué fue asesinado Emiliano Zapata?" del autor Felipe Arturo Ávila Espinosa que se publicó íntegramente en Relatos e Historias en México número 128.