Presidente Interino por el Partido Liberal del 11 de diciembre de 1855 al 1 de diciembre de 1857. En 1856 expidió la Ley de Desamortización de Bienes Eclesiásticos y Propiedades Comunales, conocida como Ley Lerdo. El 5 de febrero de 1857 se proclamó la Nueva Constitución Política.

La Guerra de Reforma abarcó el periodo que va de diciembre de 1857 a enero de 1861. Durante esta etapa hubo dos gobiernos paralelos, el conservador con sede en Palacio Nacional y el liberal con sede itinerante en Queretaro, Guanajuato, Guadalajara y Veracruz. Luego del autogolpe de Estado de Ignacio Comonfort al desconocer la Constitución de 1857 y apoyar el Plan de Tacubaya, el gobierno conservador nombró como Presidente Interino a Félix Zuloaga del 21 de enero al 21 de diciembre de 1858.

Artículo 1. Desde esta fecha cesará de regir en la República la Constitución de 1857.

El 17 de diciembre de 1857 desconoció la Constitución proclamada en febrero de ese mismo año mediante el pronunciamiento conservador del Plan de Tacubaya al que Comonfort se une en un autogolpe de Estado.