Ya ordenado sacerdote, se convirtió en uno de los maestros más prestigiosos de los colegios de la Compañía en las ciudades de México, Valladolid (hoy Morelia) y Guadalajara. Entonces extendió sus estudios hacia las ciencias físicas y naturales. Su trabajo como profesor se complementó con el estudio del pasado prehispánico, su conocimiento del náhuatl y otras lenguas indígenas, y con su labor como catequista y defensor de indios.

El proceso de destilación no fue traído por los españoles en el siglo XVI, pues ya era usado en los años 600 a 400 a.C. en la zona de Xochitécatl-Cacaxtla, en Tlaxcala; así lo comprobaron Avto Goguitchaichvill y Juan Morales, del Servicio Arqueomagnético Nacional de la UNAM, al encontrar en esa región hornos que fueron usados para procesar el maguey y producir la bebida.