En 1845 se le encomendó la defensa del país ante Estados Unidos; sin embargo, desobedeció la orden y regresó a la capital con su numerosa tropa, forzando la renuncia del presidente José Joaquín de Herrera. A inicios de 1846 juró como presidente. En plena invasión norteamericana y tras una revuelta encabezada por José Mariano Salas, Paredes fue depuesto y más tarde arrestado y exiliado a Francia.