Ya ordenado sacerdote, se convirtió en uno de los maestros más prestigiosos de los colegios de la Compañía en las ciudades de México, Valladolid (hoy Morelia) y Guadalajara. Entonces extendió sus estudios hacia las ciencias físicas y naturales. Su trabajo como profesor se complementó con el estudio del pasado prehispánico, su conocimiento del náhuatl y otras lenguas indígenas, y con su labor como catequista y defensor de indios.