Durante su gestión en Comunicaciones y Obras Públicas, el general Francisco J. Múgica siguió con sus esfuerzos por obtener el control de las palancas de la dirección económica. La acción más importante en ese sentido fue la expropiación de los Ferrocarriles Nacionales de México (FFNNM), el 23 de junio de 1937.
La empresa se había deteriorado fuertemente durante la fase armada de la Revolución; los intentos por mejorarla en los gobiernos anteriores, por la “dinastía sonorense”, no habían logrado los resultados esperados. Por esta razón, la nacionalización ferroviaria resultó, más que una afrenta, un alivio para los accionistas y acreedores extranjeros, cuyas inversiones se habían depreciado considerablemente.
Sin embargo, Múgica estaba consciente de la trascendencia de los FFNNM para su programa de gobierno revolucionario. A su juicio, el éxito de la expropiación dependería fundamentalmente de la solución de tres problemas centrales: la contención de las demandas salariales y el aumento de la productividad laboral, indispensables para la obtención de los ingresos requeridos para la rehabilitación y expansión ferroviaria; la reestructuración del regresivo sistema de tarifas de transporte, que beneficiaba a los grandes usuarios a costa de los menores, y el establecimiento de una nueva estructura de gestión. No obstante, en los tres frentes los resultados en la práctica no fueron favorables.
La reforma a las tarifas buscaba incrementar las cuotas para la carga minera con el fin de introducir importantes descuentos a los fletes en pequeños volúmenes (menos de carro entero) de mercancías básicas, como maíz, frijol, trigo y harina. Pese a los esfuerzos de la SCOP y una intensa campaña de Múgica, la reestructuración integral de las tarifas no pudo prosperar. Independientemente de su viabilidad económica, su propuesta fracasó al no contar con suficiente apoyo político. Incluso sus potenciales beneficiarios (principalmente los campesinos productores) hicieron poco para defenderla, y eso despertó la oposición férrea de una coalición de poderosos adversarios. Las protestas de los empresarios mineros extranjeros y nacionales, de distintas dimensiones, en combinación con la inconformidad de algunos prominentes miembros del gabinete, como el secretario de Hacienda Eduardo Suárez, preocupado por los efectos del aumento de la tarifa en las exportaciones de plata y la recaudación fiscal, así como de un número importante de gobernadores de los estados mineros, lograron detener su puesta en práctica.