La masonería se infiltró en América a finales del siglo XVIII y principios del XIX con las ideas de la Ilustración que preconizaban los derechos del hombre y la soberanía popular. La primera logia en la Nueva España, según el historiador masón Luis J. Zalce, apareció en 1789 en la relojería del francés Juan Esteban Laroche, en la ciudad de México; estaba integrada por algunos liberales franceses y varios peninsulares y criollos notables por sus ideas avanzadas.

Más tarde, el espíritu liberal mexicano encontró en la ciudad de Mérida y en el filósofo Pablo Moreno, el estudio y la discusión de los principios de la soberanía popular con la creación de la Sociedad de San Juan (en alusión al Evangelio de San Juan, principio básico de la francmasonería universal), cuya finalidad fue establecer una escuela de renovación política cuyos fundadores fueron Manuel Crescencio Rejón, Andrés Quintana Roo y Lorenzo de Zavala, entre otros.

La tradición popular masónica declara que ésta fue una logia del Rito de York, ya que la Gran Logia de Inglaterra se introdujo hacia 1728 en España, estableciendo dos de sus cuatro grandes logias en Madrid y Cádiz, y de allí procedían los hispanos que en los inicios de la lucha independiente ingresaron a Nueva España.

La masonería organizada –dice el historiador José María Mateos– aparece en nuestro país en 1806, fundada por Enrique Muñi en la casa de Manuel Cuevas Moreno, regidor del ayuntamiento de México. Entre sus primeros miembros se contaron a Primo de Verdad, Gregorio Martínez, Feliciano Vargas y Miguel Domínguez, entre otros. En esta logia fueron iniciados el cura Miguel Hidalgo e Ignacio Allende en 1808.

La labor de esta organización fue denunciada ante las autoridades virreinales. Varios de estos masones fueron encarcelados; los que lograron huir se refugiaron en El Pensil (en el pueblo de San Juanico), casa de campo de Cuevas Moreno. Unos más murieron en la cárcel y otros se incorporaron a la insurgencia, de modo que de esta primera logia sólo quedó el recuerdo.