El Marquesado del Valle de Oaxaca se instaló en Cuernavaca. Para Cortés fue un sitio ideal para comenzar a explotar los beneficios de la tierra y a sus nuevos vasallos.

Se ha dicho que las grandes dimensiones de las plazas y edificios centrales de Tlatelolco en el Mapa de Upsala constituyen un indicio de que dicha pintura fue elaborada en aquella localidad; como si su autor quisiera beneficiarla, haciéndola más vistosa. Pero no fue así. ¡Tlatelolco es grande en el Mapa de Upsala porque era inmenso!

Los alumnos de Tlatelolco que regresaban a sus pueblos fueron difusores muy eficaces de la integración cultural entre el mundo indígena y el occidental, e incluso muchos asumieron cargos de autoridad en esos lugares.

El Colegio de Tlatelolco partió del impulso de un pequeño grupo de frailes franciscanos y contó con el apoyo de la Corona y el virrey Mendoza, así como con el entusiasmo del obispo Zumárraga. Sin embargo, tales apoyos, así como la fortuna misma del colegio, fluctuaron con el tiempo: hubo periodos de mayor prosperidad y una copiosa población estudiantil, pero también etapas de crisis.

El Colegio de Tlatelolco representa el proyecto más importante que haya tenido lugar en la Nueva España para la educación de los indígenas y la compenetración de las tradiciones occidental y mesoamericana. Al cabo de sesenta años, miles de indígenas adquirieron en el colegio las herramientas jurídicas, literarias, administrativas y lingüísticas para comprender el nuevo orden y garantizar la comunicación entre los mundos indígena y español. El dominio del latín les abrió las puertas para el conocimiento de las ciencias, la filosofía y el derecho occidentales. De Tlatelolco salieron notables intelectuales y escritores indígenas, como Hernando de Alvarado Tezozómoc, Fernando de Alva Ixtlilxóchitl, Juan Bautista Pomar o fray Diego Valadés, y muchos otros asumieron cargos de autoridad en sus pueblos, como gobernadores, alcaldes o miembros del cabildo.

Tras morir en España en 1547, la última voluntad de Hernán Cortés de depositar sus restos mortales en Nueva España fue una disposición más complicada de lo que él o sus descendientes hubiesen pensado. Esto finalmente pudo lograrse hasta el siglo XX.